La flore présente sur les Monts d'Or est intimement liée à la nature du sol, à la lumière du soleil, à la présence ou non de l'eau, on rencontrera :

• le cortège des plantes calcicoles, lié au calcaire présent sur la plus grande partie du massif,
• une végétation acidophile sur les terrains argilo-siliceux (roches anciennes et grès),
• une végétation adaptée à la faiblesse de la lumière dans les sous-bois,
• une végétation adaptée à la sécheresse dans les prairies sèches des sols peu profonds exposés au sud,
• des orchidées,
• ...

En simplifiant, on peut distinguer les principaux milieux suivants :

• les zones rocheuses tels que les falaises naturelles ou les fronts de taille des carrières auxquelles on peut associer les innombrables murs de pierres sèches, les éboulis, les sol caillouteux …
• les prairies et notamment celles sur calcaires avec leur richesse en orchidées,
• les friches, ce stade intermédiaire entre prairie et forêt, dues essentiellement au recul du pâturage depuis quelques décades,
• les boisements,
• les zones humides présentent essentiellement en bord de Saône et ponctuellement sous forme de mares.