Sur sol calcaire, l'eau s'infiltre très rapidement et de ce fait la plupart des ruisseaux sont pratiquement à sec en été.
Sur le massif on trouve peu de mares naturelles, et les sources ont souvent été captées par d'ingénieux réseaux d'ouvrages en pierres (les captages) et transformées en abreuvoirs ou en lavoirs.
Les zones les plus intéressantes sont le vallon de Rochecardon (sentier d'interprétation avec une petite zone de « marécage »), le ruisseau issu de la carrière de la Glande avec l'Etang Gauthier et le ruisseau aboutissant à l'étang de Machy.
Le ruisseau du Thou qui traverse Poleymieux et Curis a un débit permanent, mais ne présente pas de particularité botanique connue à ce jour.
Sur le bord de la saône , la ripisylve (forêt linéaire riveraine des cours d'eau) montre surtout la présence de l'aulne glutineux et de saules pour les arbres. Parmi les plantes herbacées, on peut rencontrer la saggitaire, la nymphéa et les roseaux, avec la plus belle roselière du secteur en rive gauche au nord de Genay.
