Le loess de la plaine, mentionne le géologue Falsan, a livré en 1866 une défense de Mastodonte (témoin de la faune de l’ère Tertiaire) ainsi que des ossements de bison, mammouth, rhinocéros, chassés par les premiers hommes. A Port Mâcon, on a également trouvé des objets remontant à l’Age du Bronze. Cette vocation de gué se confirme sous l’Antiquité, époque à laquelle une grande voie romaine franchissait ici la rivière, semble-t-il, à l’aide d’un pont dont les piles auraient été aperçues par des pêcheurs...

A la limite de Chasselay, on trouve le territoire de Saint-Hilaire, désormais vierge de toute habitation. Selon la légende rapportée par le baron Raverat*, ces lieux auraient abrité une riche abbaye ou un village, avant d’être anéantis par un éboulement. Le cartulaire d’Ainay mentionne bien une manse (parcelle d’exploitation agricole carolingienne) et le terrain est jonché de céramiques médiévales et de tuiles romaines, utilisées jusqu’au Moyen Age. Ce fut semble-t-il la toute première paroisse, avant que l’érection du château-fort au XIIème siècle ne crée un nouveau pôle d’attraction conduisant au déplacement de l’habitat. De l’ancienne chapelle proviendrait d’ailleurs la fameuse tour eucharistique exposée à Chasselay, objet d’un litige épique entre les deux communes...
Dès 1260, on possède pour Saint-Germain et Poleymieux le plus ancien censier connu en franco-provençal (recueil de tenures, unités d’exploitation féodale), regroupant une quinzaine de tenures et quelques maisons autour de la fontaine de Chalin. Les bourgeois lyonnais commencent à investir les lieux : ainsi Johan, tiouler (tuilier) détient une perrere (carrière) comme les héritiers de Maître Thévenin, une maison et une tuilerie garnie de loges et d’un four, à Port Mâcon.
Peu à peu émergent les hameaux, qui adoptent le patronyme des premiers habitants : Meschin, Mas des Archers (ancien nom des Combes), Portus Massonis ou Lathomius (port des carriers en latin...). Epousant le relief, le village se structure en fonction des activités, autour des points d’eau et au carrefour des principaux chemins...
